L'arrêtés de protection d'habitats naturels est un dispositif visant à protéger un habitat naturel (récif corallien, tourbière, prairie, etc.) en tant que tel, sans qu'il soit besoin d'établir qu'il constitue par ailleurs un habitat d'espèces protégées.

Les réserves naturelles sont des espaces protégés terrestres ou marins dont le patrimoine naturel est exceptionnel, tant sur le plan de la biodiversité que parfois sur celui de la géodiversité.

Les parcs naturels marins ont pour but, à l'instar des parcs naturels régionaux, de concilier la protection et le développement durable de vastes espaces maritimes dont le patrimoine naturel est remarquable.

Les réserves naturelles sont des espaces protégés terrestres ou marins dont le patrimoine naturel est exceptionnel, tant sur le plan de la biodiversité que parfois sur celui de la géodiversité.

Les réserves naturelles sont des espaces protégés terrestres ou marins dont le patrimoine naturel est exceptionnel, tant sur le plan de la biodiversité que parfois sur celui de la géodiversité. Qu'elles soient créées par l'Etat (réserves nationales) ou par la collectivité territoriale de Corse (réserves de Corse), ce sont des espaces qui relèvent prioritairement de la Stratégie de Création d'Aires Protégées mise en place actuellement. Les réserves naturelles bénéficient d'un plan de gestion et se classent essentiellement en catégories III (réserves géologiques) ou IV de l'UICN. Si certaines parties de réserves naturelles (en particulier marines ou forestières) peuvent revendiquer les catégories UICN Ia ou Ib, il n'existait pas à la fin 2009 de réserve naturelle intégrale sur la totalité de sa superficie.

Une réserve biologique est un espace protégé en milieu forestier ou en milieu associé à la forêt (landes, mares, tourbières, dunes). Ce statut s'applique aux forêts gérées par l'Office National des Forêts et a pour but la protection d'habitats remarquables ou représentatifs. Les réserves biologiques font partie des espaces relevant prioritairement de la Stratégie de Création d'Aires Protégées mise en place actuellement. Selon les habitats et les orientations de gestion, on distingue les réserves biologiques dirigées, où est mise en place une gestion conservatoire (relevant de la catégorie IV de l'UICN) et les réserves biologiques intégrales où la forêt est laissée en libre évolution (pouvant relever de la catégorie Ia de l'UICN).

Les sites du conservatoire du littoral ont pour vocation la sauvegarde des espaces côtiers et lacustres. Leur accès au public est encouragé mais reste défini dans des limites compatibles avec la vulnérabilité de chaque site. En complément de sa politique foncière, visant prioritairement les sites de fort intérêt écologique et paysager, le conservatoire du littoral peut depuis 2002 exercer son action sur le domaine public maritime. Ce mode de protection peut être superposé avec d'autres dispositifs réglementaires ou contractuels.

Un site Ramsar est un espace désigné en application de la Convention relative aux zones humides d'importance internationale, particulièrement comme habitats des oiseaux d'eau, dont le traité a été signé en 1971 sur les bords de la mer Caspienne (Iran). Son entrée en vigueur date de 1975, la ratification par la France de 1986. L'inscription à la liste mondiale des sites Ramsar suppose que le site réponde à un ou plusieurs critères démontrant son importance internationale. Le MNHN est chargé de vérifier la pertinence des rubriques scientifiques des fiches rédigées pour les nouveaux sites candidats français. Le bureau de la convention encourage la désignation de zones humides transfrontalières, dont on a un exemple avec le site Rhin/Oberrhein.

Au titre de la directive " Oiseaux ", les propositions de sites font directement l'objet d'une désignation par la France en zones de protection spéciale (ZPS) par arrêté ministériel et publication au JORF, puis sont notifiées à la Commission européenne.

L'arrêté de protection de biotope a pour vocation la conservation de l'habitat d'espèces protégées. C'est un outil de protection réglementaire de niveau départemental, dont la mise en oeuvre est relativement souple. Il fait partie des espaces protégés relevant prioritairement de la Stratégie de Création d'Aires Protégées mise en place actuellement, et se classe en catégorie IV de l'UICN en tant qu'aire de gestion. En effet, la plupart des arrêtés de protection de biotope font l'objet d'un suivi soit directement à travers un comité placé sous l'autorité du préfet, soit indirectement dans le cadre de dispositifs tels q ue Natura 2000 et par appropriation par les acteurs locaux.