LOGRAMI a entamé depuis 2009 le déploiement d'un réseau de suivi de l'anguille sur la Vienne et depuis 2010 sur la Loire aval, en se basant sur les travaux réalisés en 2005 par E. Lasne et P. Laffaille sur les annexes hydrauliques de la Loire (Besse, 2016). Ce réseau a été étendu en 2013 à la Loire moyenne et amont, ses principaux affluents, ainsi que les fleuves côtiers vendéens. L'objectif de ce suivi est de pouvoir surveiller l'abondance ainsi que la distribution de la population d'anguilles européennes du bassin Loire. Pour cela, l'étude se focalise plus particulièrement sur les jeunes anguilles, afin d'estimer les retombées des mesures de gestion en termes de population en place à aval, d'intensité du recrutement fluvial sur le bassin versant, et d'accessibilité du milieu (Lasne & Laffaille, 2008). Le réseau de suivi sur les bassins de la Loire et des côtiers vendéens recourt à la méthode de pêche électrique par échantillonnage par point dit « indice d’abondance anguille », méthode dérivée de la méthode des Echantillonnage Ponctuel d’Abondance (EPA) (LAFFAILLE et al., 2004) qui a été développée par Cédric BRIAND (Institut d’Aménagement de la Vilaine) et Pascal LAFFAILLE (Université de Rennes 1). La méthode consiste à prospecter le cours d’eau selon un plan d’échantillonnage déterminé par la largeur du cours d’eau. 30 points par station sont échantillonnés sur des secteurs où les hauteurs d’eau ne dépassent pas 60 cm de hauteur d’eau. Sur chaque point, la pêche dure au minimum 30 secondes. Les effectifs capturés sont rapportés au nombre de points d'échantillonnage (Indice d'Abondance Anguille).

Les sites de reproduction (fraie) correspondent à des habitats spécifiques et sont propres à chaque espèce. Le comptage des frayères permet d’évaluer la reproduction naturelle des poissons grands migrateurs. Ces suivis permettent aussi d’identifier le front de colonisation (migration la plus amont observée) des espèces sur chaque axe en rapport avec les conditions de débit, température et de difficulté de migrations induites par les obstacles. Pour les aloses la reproduction est suivie sur les habitats potentiels en écoutant le bruit caractéristique produit par la reproduction appelé « bulls d’aloses ». Les frayères recensées permettent d’avoir un indice sur l’abondance et la répartition géographique des géniteurs au moment de la reproduction. Cette action fournit de plus des informations sur le front de migration. Cela permet d’avoir des indices sur les abondances dans les cours d’eau où aucun comptage des poissons n’est possible. Le repérage systématique des frayères permet d’établir des cartographies précises des lieux de ponte et d’estimer la reproduction naturelle. Il permet également de visualiser les effets de mesures de gestion telles que l’effacement ou l’aménagement d’ouvrages par une augmentation du linéaire colonisé.