Les sites de reproduction (fraie) correspondent à des habitats spécifiques et sont propres à chaque espèce. Le comptage des frayères permet d’évaluer la reproduction naturelle des poissons grands migrateurs. Ces suivis permettent aussi d’identifier le front de colonisation (migration la plus amont observée) des espèces sur chaque axe en rapport avec les conditions de débit, température et de difficulté de migrations induites par les obstacles. Pour le saumon et la lamproie marine l’évaluation de la reproduction se fait par comptage des nids, pour les aloses on écoute directement le bruit caractéristique produit par la reproduction appelé « bulls d’aloses ». Les frayères recensées permettent d’avoir un indice sur l’abondance et la répartition géographique des géniteurs au moment de la reproduction. Cette action fournit de plus des informations sur le front de migration. Cela permet d’avoir des indices sur les abondances dans les cours d’eau où aucun comptage des poissons n’est possible. Le repérage systématique des frayères permet d’établir des cartographies précises des lieux de ponte et d’estimer la reproduction naturelle. Il permet également de visualiser les effets de mesures de gestion telles que l’effacement ou l’aménagement d’ouvrages par une augmentation du linéaire colonisé.

Le recrutement en juvéniles de saumon est réalisé avec la méthode des indices d’abondance. Cette méthode a été mise au point conjointement par l’Institut National de la Recherche Agronomique et le Conseil Supérieur de la Pêche. Celle-ci consiste à faire une pêche électrique ciblée sur les juvéniles de saumon de l’année et pratiquée sur les habitats préférentiels des juvéniles de saumon, radiers et rapides. Les résultats sont exprimés en nombre de juvéniles par 5 minutes (Indice d'Abondance). Sur chaque bassin versant la surface de production a été mesurée. Elle correspond aux zones courantes propices aux juvéniles de saumon. Chez le saumon, l’abondance des juvéniles de l’année (âge 0+) est un indicateur important d’évaluation des stocks. En effet, cette méthode permet de prédire la production de smolts dévalant vers la mer au printemps suivant en évaluant le niveau de recrutement de l’année. L'indice d'abondance moyen d'un bassin productif est calculé en effectuant la moyenne arithmétique du nombre total de tacons de l’année (0+) sur le nombre total de stations. Il permet de comparer les fluctuations interannuelles du recrutement global pour un bassin donné. Afin d’avoir une estimation de la production de saumons à l’échelle du bassin versant, la densité moyenne de tacons est rapportée à la surface totale d’équivalent radier-rapide (SRR) du bassin productif, en considérant que chaque station est représentative d’un secteur de cours d’eau. Les données de surface d’habitat potentiel pour les juvéniles de saumon, exprimées en surface d’équivalent radier-rapide, sont issues d’études de cartographie d’habitat.

LOGRAMI a entamé depuis 2009 le déploiement d'un réseau de suivi de l'anguille sur la Vienne et depuis 2010 sur la Loire aval, en se basant sur les travaux réalisés en 2005 par E. Lasne et P. Laffaille sur les annexes hydrauliques de la Loire (Besse, 2016). Ce réseau a été étendu en 2013 à la Loire moyenne et amont, ses principaux affluents, ainsi que les fleuves côtiers vendéens. L'objectif de ce suivi est de pouvoir surveiller l'abondance ainsi que la distribution de la population d'anguilles européennes du bassin Loire. Pour cela, l'étude se focalise plus particulièrement sur les jeunes anguilles, afin d'estimer les retombées des mesures de gestion en termes de population en place à aval, d'intensité du recrutement fluvial sur le bassin versant, et d'accessibilité du milieu (Lasne & Laffaille, 2008). Le réseau de suivi sur les bassins de la Loire et des côtiers vendéens recourt à la méthode de pêche électrique par échantillonnage par point dit « indice d’abondance anguille », méthode dérivée de la méthode des Echantillonnage Ponctuel d’Abondance (EPA) (LAFFAILLE et al., 2004) qui a été développée par Cédric BRIAND (Institut d’Aménagement de la Vilaine) et Pascal LAFFAILLE (Université de Rennes 1). La méthode consiste à prospecter le cours d’eau selon un plan d’échantillonnage déterminé par la largeur du cours d’eau. 30 points par station sont échantillonnés sur des secteurs où les hauteurs d’eau ne dépassent pas 60 cm de hauteur d’eau. Sur chaque point, la pêche dure au minimum 30 secondes. Les effectifs capturés sont rapportés au nombre de points d'échantillonnage (Indice d'Abondance Anguille).

Un suivi par pêches électriques des juvéniles de saumon de l’année, aussi appelés tacons 0+, est réalisé chaque année sur plus d’une centaine de stations réparties sur les bassins de l’Allier et de la Gartempe. Ces pêches de sondage sont réalisées sur des radiers (habitats spécifiques aux juvéniles de saumon de l’année) selon un protocole standardisé qui permet d’obtenir un indice d’abondance pour 5 minutes de pêche effective (Prevost et Baglinière, 1995). Ces pêches annuelles permettent de connaître le succès de la reproduction en estimant la production naturelle de juvéniles, d’évaluer la survie des juvéniles déversés au stade alevin et de vérifier la fonctionnalité des zones favorables aux juvéniles.

Liste des études de quantification et qualification des habitats sur un secteur donné, selon les critères particuliers du domaine de vie des migrateurs, spécifiques à chaque espèce et au stade de vie considéré. Selon l’état des connaissances sur les espèces, à partir des données « physiques » d’habitats favorables, des calculs estimatifs et prédictifs d’occupation par les géniteurs et/ou de production de juvéniles sont possibles. Cette traduction biologique peut permettre une meilleure appréciation des potentialités d’accueil d’un secteur, qui peuvent être définies pour les quatre espèces amphihalines « majeures » du bassin de la Loire (anguille européenne, saumon atlantique, lamproie marine et grande alose).

Les sites de reproduction (fraie) correspondent à des habitats spécifiques et sont propres à chaque espèce. Le comptage des frayères permet d’évaluer la reproduction naturelle des poissons grands migrateurs. Ces suivis permettent aussi d’identifier le front de colonisation (migration la plus amont observée) des espèces sur chaque axe en rapport avec les conditions de débit, température et de difficulté de migrations induites par les obstacles. Pour les aloses la reproduction est suivie sur les habitats potentiels en écoutant le bruit caractéristique produit par la reproduction appelé « bulls d’aloses ». Les frayères recensées permettent d’avoir un indice sur l’abondance et la répartition géographique des géniteurs au moment de la reproduction. Cette action fournit de plus des informations sur le front de migration. Cela permet d’avoir des indices sur les abondances dans les cours d’eau où aucun comptage des poissons n’est possible. Le repérage systématique des frayères permet d’établir des cartographies précises des lieux de ponte et d’estimer la reproduction naturelle. Il permet également de visualiser les effets de mesures de gestion telles que l’effacement ou l’aménagement d’ouvrages par une augmentation du linéaire colonisé.

En dehors des obstacles à la migration des géniteurs de saumons, la reproduction et le potentiel de production sont déterminés par la capacité d’accueil du cours d’eau. L’estimation de la surface potentiellement disponible pour les juvéniles de saumons est définie par des cartographies d’habitats qui ont pour objectif de quantifier les différents types d’habitats disponibles sur les bassins versants. La surface des faciès favorables à la production de juvéniles de saumon atlantique est pondérée par la productivité du type de faciès d'écoulement et exprimée en "Equivalent Radier Rapides" (ERR).