LOGRAMI a entamé depuis 2009 le déploiement d'un réseau de suivi de l'anguille sur la Vienne et depuis 2010 sur la Loire aval, en se basant sur les travaux réalisés en 2005 par E. Lasne et P. Laffaille sur les annexes hydrauliques de la Loire (Besse, 2016). Ce réseau a été étendu en 2013 à la Loire moyenne et amont, ses principaux affluents, ainsi que les fleuves côtiers vendéens. L'objectif de ce suivi est de pouvoir surveiller l'abondance ainsi que la distribution de la population d'anguilles européennes du bassin Loire. Pour cela, l'étude se focalise plus particulièrement sur les jeunes anguilles, afin d'estimer les retombées des mesures de gestion en termes de population en place à aval, d'intensité du recrutement fluvial sur le bassin versant, et d'accessibilité du milieu (Lasne & Laffaille, 2008). Le réseau de suivi sur les bassins de la Loire et des côtiers vendéens recourt à la méthode de pêche électrique par échantillonnage par point dit « indice d’abondance anguille », méthode dérivée de la méthode des Echantillonnage Ponctuel d’Abondance (EPA) (LAFFAILLE et al., 2004) qui a été développée par Cédric BRIAND (Institut d’Aménagement de la Vilaine) et Pascal LAFFAILLE (Université de Rennes 1). La méthode consiste à prospecter le cours d’eau selon un plan d’échantillonnage déterminé par la largeur du cours d’eau. 30 points par station sont échantillonnés sur des secteurs où les hauteurs d’eau ne dépassent pas 60 cm de hauteur d’eau. Sur chaque point, la pêche dure au minimum 30 secondes. Les effectifs capturés sont rapportés au nombre de points d'échantillonnage (Indice d'Abondance Anguille).

Le recrutement en juvéniles de saumon est réalisé avec la méthode des indices d’abondance. Cette méthode a été mise au point conjointement par l’Institut National de la Recherche Agronomique et le Conseil Supérieur de la Pêche. Celle-ci consiste à faire une pêche électrique ciblée sur les juvéniles de saumon de l’année et pratiquée sur les habitats préférentiels des juvéniles de saumon, radiers et rapides. Les résultats sont exprimés en nombre de juvéniles par 5 minutes (Indice d'Abondance). Sur chaque bassin versant la surface de production a été mesurée. Elle correspond aux zones courantes propices aux juvéniles de saumon. Chez le saumon, l’abondance des juvéniles de l’année (âge 0+) est un indicateur important d’évaluation des stocks. En effet, cette méthode permet de prédire la production de smolts dévalant vers la mer au printemps suivant en évaluant le niveau de recrutement de l’année. L'indice d'abondance moyen d'un bassin productif est calculé en effectuant la moyenne arithmétique du nombre total de tacons de l’année (0+) sur le nombre total de stations. Il permet de comparer les fluctuations interannuelles du recrutement global pour un bassin donné. Afin d’avoir une estimation de la production de saumons à l’échelle du bassin versant, la densité moyenne de tacons est rapportée à la surface totale d’équivalent radier-rapide (SRR) du bassin productif, en considérant que chaque station est représentative d’un secteur de cours d’eau. Les données de surface d’habitat potentiel pour les juvéniles de saumon, exprimées en surface d’équivalent radier-rapide, sont issues d’études de cartographie d’habitat.