Liste des études de quantification et qualification des habitats sur un secteur donné, selon les critères particuliers du domaine de vie des migrateurs, spécifiques à chaque espèce et au stade de vie considéré. Selon l’état des connaissances sur les espèces, à partir des données « physiques » d’habitats favorables, des calculs estimatifs et prédictifs d’occupation par les géniteurs et/ou de production de juvéniles sont possibles. Cette traduction biologique peut permettre une meilleure appréciation des potentialités d’accueil d’un secteur, qui peuvent être définies pour les quatre espèces amphihalines « majeures » du bassin de la Loire (anguille européenne, saumon atlantique, lamproie marine et grande alose).

En dehors des obstacles à la migration des géniteurs de saumons, la reproduction et le potentiel de production sont déterminés par la capacité d’accueil du cours d’eau. L’estimation de la surface potentiellement disponible pour les juvéniles de saumons est définie par des cartographies d’habitats qui ont pour objectif de quantifier les différents types d’habitats disponibles sur les bassins versants. La surface des faciès favorables à la production de juvéniles de saumon atlantique est pondérée par la productivité du type de faciès d'écoulement et exprimée en "Equivalent Radier Rapides" (ERR).

Le recrutement en juvéniles de saumon est réalisé avec la méthode des indices d’abondance. Cette méthode a été mise au point conjointement par l’Institut National de la Recherche Agronomique et le Conseil Supérieur de la Pêche. Celle-ci consiste à faire une pêche électrique ciblée sur les juvéniles de saumon de l’année et pratiquée sur les habitats préférentiels des juvéniles de saumon, radiers et rapides. Les résultats sont exprimés en nombre de juvéniles par 5 minutes (Indice d'Abondance). Sur chaque bassin versant la surface de production a été mesurée. Elle correspond aux zones courantes propices aux juvéniles de saumon. Chez le saumon, l’abondance des juvéniles de l’année (âge 0+) est un indicateur important d’évaluation des stocks. En effet, cette méthode permet de prédire la production de smolts dévalant vers la mer au printemps suivant en évaluant le niveau de recrutement de l’année. L'indice d'abondance moyen d'un bassin productif est calculé en effectuant la moyenne arithmétique du nombre total de tacons de l’année (0+) sur le nombre total de stations. Il permet de comparer les fluctuations interannuelles du recrutement global pour un bassin donné. Afin d’avoir une estimation de la production de saumons à l’échelle du bassin versant, la densité moyenne de tacons est rapportée à la surface totale d’équivalent radier-rapide (SRR) du bassin productif, en considérant que chaque station est représentative d’un secteur de cours d’eau. Les données de surface d’habitat potentiel pour les juvéniles de saumon, exprimées en surface d’équivalent radier-rapide, sont issues d’études de cartographie d’habitat.

La quantité et la qualité des habitats augmentent les chances de survies des poissons migrateurs. Ainsi, les cartographies des zones d’accueil ou la validation de l’utilisation de ces espaces permet de mesurer les enjeux de territoires et la priorisation de la restauration. Les faciès d’écoulement dominants et accessoires sont identifiés par prospection à pied et décrits selon le protocole Malavoi et Souchon 2001. Leur linéaire est numérisé par superposition avec une orthophotographie. Le jeu de données inclut tous les linéaires de faciès décrits dans le cadre d'opérations menées par ou en collaboration avec LOGRAMI sur le Bassin versant de la Loire.