Les sites de reproduction (fraie) correspondent à des habitats spécifiques et sont propres à chaque espèce. Le comptage des frayères permet d’évaluer la reproduction naturelle des poissons grands migrateurs. Ces suivis permettent aussi d’identifier le front de colonisation (migration la plus amont observée) des espèces sur chaque axe en rapport avec les conditions de débit, température et de difficulté de migrations induites par les obstacles. Pour le saumon et la lamproie marine l’évaluation de la reproduction se fait par comptage des nids, pour les aloses on écoute directement le bruit caractéristique produit par la reproduction appelé « bulls d’aloses ». Les frayères recensées permettent d’avoir un indice sur l’abondance et la répartition géographique des géniteurs au moment de la reproduction. Cette action fournit de plus des informations sur le front de migration. Cela permet d’avoir des indices sur les abondances dans les cours d’eau où aucun comptage des poissons n’est possible. Le repérage systématique des frayères permet d’établir des cartographies précises des lieux de ponte et d’estimer la reproduction naturelle. Il permet également de visualiser les effets de mesures de gestion telles que l’effacement ou l’aménagement d’ouvrages par une augmentation du linéaire colonisé.

En dehors des obstacles à la migration des géniteurs de saumons, la reproduction et le potentiel de production sont déterminés par la capacité d’accueil du cours d’eau. L’estimation de la surface potentiellement disponible pour les juvéniles de saumons est définie par des cartographies d’habitats qui ont pour objectif de quantifier les différents types d’habitats disponibles sur les bassins versants. La surface des faciès favorables à la production de juvéniles de saumon atlantique est pondérée par la productivité du type de faciès d'écoulement et exprimée en "Equivalent Radier Rapides" (ERR).

Le recrutement en juvéniles de saumon est réalisé avec la méthode des indices d’abondance. Cette méthode a été mise au point conjointement par l’Institut National de la Recherche Agronomique et le Conseil Supérieur de la Pêche. Celle-ci consiste à faire une pêche électrique ciblée sur les juvéniles de saumon de l’année et pratiquée sur les habitats préférentiels des juvéniles de saumon, radiers et rapides. Les résultats sont exprimés en nombre de juvéniles par 5 minutes (Indice d'Abondance). Sur chaque bassin versant la surface de production a été mesurée. Elle correspond aux zones courantes propices aux juvéniles de saumon. Chez le saumon, l’abondance des juvéniles de l’année (âge 0+) est un indicateur important d’évaluation des stocks. En effet, cette méthode permet de prédire la production de smolts dévalant vers la mer au printemps suivant en évaluant le niveau de recrutement de l’année. L'indice d'abondance moyen d'un bassin productif est calculé en effectuant la moyenne arithmétique du nombre total de tacons de l’année (0+) sur le nombre total de stations. Il permet de comparer les fluctuations interannuelles du recrutement global pour un bassin donné. Afin d’avoir une estimation de la production de saumons à l’échelle du bassin versant, la densité moyenne de tacons est rapportée à la surface totale d’équivalent radier-rapide (SRR) du bassin productif, en considérant que chaque station est représentative d’un secteur de cours d’eau. Les données de surface d’habitat potentiel pour les juvéniles de saumon, exprimées en surface d’équivalent radier-rapide, sont issues d’études de cartographie d’habitat.