Les sites de reproduction (fraie) correspondent à des habitats spécifiques et sont propres à chaque espèce. Le comptage des frayères permet d’évaluer la reproduction naturelle des poissons grands migrateurs. Ces suivis permettent aussi d’identifier le front de colonisation (migration la plus amont observée) des espèces sur chaque axe en rapport avec les conditions de débit, température et de difficulté de migrations induites par les obstacles. Pour le saumon et la lamproie marine l’évaluation de la reproduction se fait par comptage des nids, pour les aloses on écoute directement le bruit caractéristique produit par la reproduction appelé « bulls d’aloses ». Les frayères recensées permettent d’avoir un indice sur l’abondance et la répartition géographique des géniteurs au moment de la reproduction. Cette action fournit de plus des informations sur le front de migration. Cela permet d’avoir des indices sur les abondances dans les cours d’eau où aucun comptage des poissons n’est possible. Le repérage systématique des frayères permet d’établir des cartographies précises des lieux de ponte et d’estimer la reproduction naturelle. Il permet également de visualiser les effets de mesures de gestion telles que l’effacement ou l’aménagement d’ouvrages par une augmentation du linéaire colonisé.

Liste des études de quantification et qualification des habitats sur un secteur donné, selon les critères particuliers du domaine de vie des migrateurs, spécifiques à chaque espèce et au stade de vie considéré. Selon l’état des connaissances sur les espèces, à partir des données « physiques » d’habitats favorables, des calculs estimatifs et prédictifs d’occupation par les géniteurs et/ou de production de juvéniles sont possibles. Cette traduction biologique peut permettre une meilleure appréciation des potentialités d’accueil d’un secteur, qui peuvent être définies pour les quatre espèces amphihalines « majeures » du bassin de la Loire (anguille européenne, saumon atlantique, lamproie marine et grande alose).

En dehors des obstacles à la migration des géniteurs de saumons, la reproduction et le potentiel de production sont déterminés par la capacité d’accueil du cours d’eau. L’estimation de la surface potentiellement disponible pour les juvéniles de saumons est définie par des cartographies d’habitats qui ont pour objectif de quantifier les différents types d’habitats disponibles sur les bassins versants. La surface des faciès favorables à la production de juvéniles de saumon atlantique est pondérée par la productivité du type de faciès d'écoulement et exprimée en "Equivalent Radier Rapides" (ERR).